Es gibt keine eindeutige Erklärung für die Herkunft des Namens der Gemeinde. Die wahrscheinlichste ist die, die den Namen einem der ersten Siedler oder dem Oberhaupt eines Siedlerhofes (1), einer alten elsässischen Institution, die Beblenheim besaß, zuschreibt.
Man findet den Namen Babilenheim im Jahr 1128, dann zahlreiche Varianten, um schließlich zum heutigen Namen zu gelangen. Beblenheim ging, wie viele seiner Nachbardörfer, im Mittelalter von Hand zu Hand, von den Herren von Horbourg zu den Grafen von Württemberg. Das Dorf erlebte mehrere schwierige oder turbulente Zeiten: Die erste war der Schwarze Tod, das größte Unglück, das ab Mitte des 14. Jahrhunderts das Elsass heimsuchte. Im Jahr 1525 waren einige Einwohner Beblenheims auch am Bauernkrieg oder Rustauds-Krieg beteiligt, dessen Auslöser die übertriebenen Fronarbeiten und die ständig steigende Steuerlast im Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation waren. Er endete mit der Schlacht von Scherwiller, die von den Truppen des Herzogs von Lothringen geführt wurde. Schließlich erlebte das Dorf die Schrecken des Dreißigjährigen Krieges und darüber hinaus den Durchzug verschiedener Armeen, bis das Elsass 1680 an das Frankreich Ludwigs XIV. angegliedert wurde. Das Unglück war in dieser Zeit so groß - Krieg, Pest und Hungersnot -, dass das Dorf sieben Jahre lang unbewohnt blieb. Während der Kämpfe in der Colmarer Tasche, bei denen das Dorf von Anfang Dezember 1944 bis Ende Januar 1945 an der Frontlinie lag, machte es erneut eine schwere Zeit durch. Seitdem wächst das Dorf wieder stetig um seine traditionelle Tätigkeit, den Weinbau, herum.