Im Jahr 1152 wird in den bischöflichen Archiven des Bistums Basel eine Kapelle mit dem Namen „Templum Sanctae Annae supra Berken“ erwähnt. Im 14. Jahrhundert wurde das Dorf „Tannenkirch“ oder „Sankt Annakirch“ genannt. Erst nach dem Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) erhielt das Dorf den Namen Thannenkirch. Im 10. Jahrhundert soll der Legende zufolge ein Eremit am Fuß des Tännchels, nahe einer Quelle und im Schatten einer mächtigen Tanne, ein der Heiligen Anna gewidmetes
Gebetshaus errichtet haben. Rund um diese Stätte siedelten sich nach und nach Holzfäller und Köhler aus Lothringen an.
Im Mittelalter gehörte Thannenkirch den Herrenvon Rathsamhausen, 1470 wurde Thannenkirch als Lehen an die Herren von Rappoltstein übergeben. Im Dreißigjährigen Krieg verließen fast alle Bewohner das Dorf. Später kamen Zuwanderer aus der Schweiz und den auf der Ostseite der Vogesen gelegenen französischsprachigen Gebieten des Elsass und ließen sich in dem
Dorf nieder.
Im 19. Jahrhundert entstanden mit dem Aufschwung der Textilindustrie im nahe gelegenen Val de Lièpvre Handwebereien
in dem Dorf, das bisher lediglich von den Bergressourcen Holz und Kohle und der Tierhaltung gelebt hatte. 1924 wurde Thannenkirch zum Ferien- und Luftkurort. Thannenkirch ist am Fuß Tännchelberg gelegen, mitten im Grünen und von Wäldern
umgeben, und ist als Ruhe- und Erholungsgebiet ausgewiesen. Vom Dorf aus hat man einen wunderbaren Blick auf das elsässische Flachland und den Schwarzwald. Das Bergdorf ist ein beliebtes Urlaubsziel für alle, die Ruhe und Naturnähe
suchen.