Aucune explication ne s’impose quant à l’origine du nom de la commune. La plus vraisemblable est celle qui attribue son nom à un des premiers colons ou chef d’une cour colongère (1), vieille institution alsacienne, que possédait Beblenheim.
On trouve le nom de Babilenheim en 1128, puis de nombreuses variantes pour arriver enfin au nom actuel. Beblenheim, comme de nombreux villages voisins, passe de mains en mains au cours du Moyen-Âge, des Seigneurs de Horbourg aux Comtes de Wurtemberg. Le village connut plusieurs périodes difficiles ou mouvementées : la première fût la peste noire, la plus grande calamité qui frappa l’Alsace à partir du milieu du XIVe siècle. En 1525, certains habitants de Beblenheim furent également acteurs de la guerre des Paysans ou guerre des « Rustauds » dont les faits déclencheurs furent les corvées exagérées et la charge croissante et continuelle des impôts au sein du Saint Empire romain germanique. Elle prit fin avec la bataille de Scherwiller menée par les troupes du Duc de Lorraine. Enfin, le village vécut les horreurs de la guerre de Trente Ans et au-delà, du passage de diverses armées, jusqu’au moment du rattachement de l’Alsace à la France de Louis XIV en 1680. Le malheur fût si grand pendant cette période – guerre, peste et famine – que le village resta inoccupé pendant sept années consécutives. Le village traversa à nouveau une période difficile au moment des combats de la poche de Colmar où il se trouva sur la ligne de front du début décembre 1944 à fin janvier 1945. Il échappa miraculeusement aux destructions que connurent certains villages voisins.Depuis, le village a repris sa croissance régulière autour de son activité traditionnelle : la viticulture.