En 1152, dans les archives épiscopales de l’évêché de Bâle, une chapelle est citée sous le nom de « Templum Sanctaennae supra Berken ». Au XIVe siècle, le village prit le nom de « Tannenkirch » ou « Sankt Annakirch ». Ce n’est qu’après la guerre de Trente Ans (1618-1648) que le village fut appelé Thannenkirch. Au Xe siècle, d’après la légende, un ermite aurait établi un oratoire dédié à Sainte-Anne au bas du Taennchel, près d’une source, à l’ombre d’un sapin majestueux. Des bûcherons et des charbonniers lorrains s’installèrent peu à peu autour de ce site.
Pendant le Moyen-Age, Thannenkirch appartient à la seigneurie des Rathsamhausen puis en 1470, Thannenkirch fut donné en fief aux Ribeaupierre. Lors de la guerre de Trente Ans, le village fut presque entièrement vidé. De nouveaux habitants venus de
Suisse et des pays welches (vallées du versant Est des Vosges) de langue et de culture romane s’installèrent pour repeupler le site.
Au XIXe siècle, à la suite de l’essor de l’industrie textile dans le proche Val de Lièpvre, le tissage à bras se développa dans le village, qui ne vivait jusqu’alors que des ressources de la montagne : bois, charbon et élevage.
En 1924, Thannenkirch devient une station de villégiature, de cure d’air et de repos. Située en contrebas du Taennchel, massif
montagneux classé zone de tranquillité et de silence, Thannenkirch est blotti dans un écrin de verdure et de forêts. Le village offre un superbe panorama sur la plaine d’Alsace et la Forêt Noire. Ce bourg de montagne est une destination de villégiature appréciée de ceux qui recherchent la sérénité et la proximité avec la nature.